反渗透设备的清洗有两种方式，在线清洗和离线清洗。
在线清洗是指对反渗透装置整体进行清洗，膜元件不用拿出压力容器，通常在较大系统中设计使用。此清洗方式操作简单方便，时间短，但容易造成清洗不彻底，效果不理想。当反渗透装置污染较轻时可采用此方法。
离线清洗是指将膜元件从反渗透压力容器中卸下，装入专用清洗设备中进行清洗，通常一次清洗数量不超过6支。此清洗方式操作简单方便，清洗彻底、效果最佳。但膜元件较多时，清洗时间较长。当反渗透污染较严重或在线清洗效果差时可采用此方法。
EDI 清洗
随着工作时间的累积，需要对EDI模块进行清洗及消毒，这是因为：
1. 金属结垢或硬度，主要产生在浓水室内
2.在离子交换树脂或膜形成无机物污垢（例如，硅）
3.在离子交换树脂或膜形成有机物污垢
4.EDI模块和系统管道及其它部件的生物污垢
5.以上所有情况一起出现
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