水中各种水垢的产生为阴阳离子共同产生的结果，所以处理方法的主要手段就是去除其中一种离子或同时去除形成水垢的离子，或使其稳定在水中。
（一）从补充冷却水中除去成垢的钙、镁离子
在补充水进入循环水系统之前进入软化设备，除去Ca2+ 、Mg2+, 也就形不成水垢。目前常用的软化方法有三种：一是通过采用反渗透法(生成纯水）；二是离子交换法（生产去离子水），该法适用于补充水量小循环水系统间或采用；三、是石灰软化法，即投加石灰，使Ca(HCO3)2反应生成CaCO3沉淀提前析出。该方法成本低，适用于原水（尤其是暂时硬度大的结垢型原水）钙含量高，补充水量较大的循环冷却水系统。
（二）加酸或通入CO2气体，降低pH值，稳定重碳酸盐
在循环水中加酸（通常为硫酸）或通入CO2气体，降低pH值，使下列平衡左移，重碳酸盐处于稳定状态。Ca(HCO3)2=CaCO3+H2O+CO2
加酸法目前仍有使用，关键是控制好加酸量，否则酸量过多会加速设备腐蚀。通CO2气体同样应注意控制好pH值，否则循环水通过冷却塔时，由于CO2的溢出，CaCO3在塔内结晶，堵塞填料，形成钙垢转移现象。该方法在某些化肥厂、化工厂及电厂等有CO2气体源的企业仍有推广使用的价值。
（三）投加阻垢剂
在循环水中投加阻垢剂，破坏CaCO3的结晶增长过程，以达到控制水垢形成的目的。目前常用的阻垢剂有聚磷酸盐、有机磷酸酯、聚丙烯酸盐、有机多元磷酸等。这也是目前应用最广的控制水垢的方法。
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