医院的污水，除一般生活污水外，还含有化学物质、放射性废水和病原体。因此，须经过处理后才能排放，特别是肝炎等传染病病房排出来的污水，须经消毒后才可排放。无集中式污水处理设备的医院，对有传染性的粪便，须单独消毒使其无害化。常用消毒剂有漂白粉、液氯、臭氧。对含放射性同位素的污水，应按同位素处理要求处理。医院污水在处理过程中，沉淀的污泥含有大量的细菌、病毒和寄生虫卵，须经消毒（常用熟石灰消毒）或高温堆肥后方可用作肥料。

医院各部门的功能、设施和人员组成情况不同，产生污水的主要部门和设施有：诊疗室、化验室、病房、洗衣房、X光照像洗印、动物房、同位素诊断、手术室等排水。医院行政管理和医务人员排放的生活污水，食堂、单身宿舍、家属宿舍排水。不同部门科室产生的污水成分和水量各不相同，如重金属废水、含油废水、洗印废水、放射性废水等。而且不同性质医院产生的污水也有很大不同。医院污水较一般生活污水排放情况复杂。

医院污水来源及成分复杂，含有病原性微生物、有毒、有害的物理化学污染物和放射性污染等，具有空间污染、急性传染和潜伏性传染等特征，不经有效处理会成为一条疫病扩散的重要途径和严重污染环境。除了经过处理MBR一体化医院污水设备处理，设备出来的水还需要经过消毒后才能达到排放，这就需要再加一道消毒工序。