生态厕所的重要性主要体现在以下三个方面：
（1）减少或根除人类粪污带来的环境污染问题 ：通过各种技术或社会分工协作，对厕所所收集的粪污进行就地处理或异地处理，使粪污无害化后再回归于环境。在进行粪污处理时，往往会带来一些附加的好处，例如回收了粪污中的有用成份用于制肥或回收水资源。
（2）减少了厕所对外界资源的依赖性，并节省资源：一般生态厕所具备粪便处理回收水的功能，也有一些厕所不使用水冲方式而达到洁净目的。还有一些厕所利用太阳能光伏作为新能源。这些厕所在使用上更具有独立性，特别是对水资源的需求减少，从而具备了节水特点。
（3）扩大了厕所的应用范围，提高生活水平由于生态厕所具有无污染并且节水等特点。使生态厕所可以广泛地应用于环境和条件受限制的地域。如大型的会议场地、广场、旅游景点等。随着这类厕所应用范围的扩大，极大地方便人民群众的生活，提高了生活水平。