农贸市场城镇居民重要的“菜篮子”，我们生活所需的蔬菜、瓜果、肉类、海鲜及其农副制品的进货渠道大多来自农贸市场。农贸市场往往很难做到干净整洁，部分小城镇的农村的农贸市场还没有污水处理设施，甚至能看到污水横流的情况。

农村或者城乡接合部的小型集市型农贸市场在形式上不集中。活家禽交易活动中产生的家禽粪便，活禽屠宰过程中产生的废水以及腐烂变质的菜叶水果等如果得不到妥善收集处理，极易给环境尤其附近水体造成不同程度的影响和污染。

农贸市场距离城市管网较近的，应优先考虑接入城市污水管网，宜将收集的农贸市场污水通过管道运输送到污水处理厂集中处理，达到当地环保要求后再排放。由于农贸市场多位大规模的农副产品交易，每天产生的固体垃圾数量巨大，如果处理不妥当则可能引起管网的堵塞。因此农贸市场市场有比较完善的过滤系统将固体垃圾拦截分离开，此外农贸市场的污水管网宜采用大口径管材，并且尽量减少急弯。

如果农贸市场距离管网较远，或者管网投资成本过于昂贵。也可以根据当地环保要求，在农贸周边建立小型污水处理项目，污水处理到环保其要求后就近排放。为节省投资和便于管理，可以考虑性价比较高的的地埋式小型污水处理设施。这类设备采用的普遍为生物处理工艺如AO、A2O、MBR工艺等，可以处理大多数的低浓度生活污水。但是农贸市场情况复杂，如生鲜或者海鲜产品等不再只是简单的批发销售，存在二次加工、清洗甚至消毒处理等工序。由此产生的污水不能再等同于一般生活污水，需要专业处理。