从中药制药过程各单元的控制操作特点及生产需求，程序主要流程为执行工段的自动控制功能，运行状况描述如下：某单元启动运行，程序首先自动检测该单元的预置条件，当满足预置条件后，程序根据事先设定的工艺参数和工艺流程顺序执行程序，对相关设备进行控制，根据现场状态选择对应的分支程序，在运行过程中如需人工检测或干预时，多功能浓缩提取设备系统在流程监控界面上弹出消息提示窗口，经过操作人员处理、选择、确认以后，程序按照指令继续执行。当程序执行检测到设备故障时，根据故障等级按警告、报警、紧急停车进行处理。除以上程序运行的主要功能外，在软件设计中还应考虑以下几个方面的问题：
1、基于模块化技术的柔性控制
由于中药制药生产工艺的多变性，如果流程控制设计的灵活性和柔性不够，在运行过程中就需要大量的人工干预，进而影响到生产的连续性和效率。因此在流程组态的过程中要采取模块化思想，将不可再分的工序作为单元模块，并充分考虑各单元控制不同的流程，设置一定的模式对各基本单元模块进行组合，运行时操作者只需根据对应的工艺路线选择适合的模式即可实现自动化生产。如中药多功能提取设备工段有水提取和醇提取两种方式；在设备组合方面有单罐提取和多罐组合提取；根据提取物料的需要又分为循环提取和单次提取；提取原料药材的性质不同对应的操作都略有不同。因此在PLC程序编制中，首先细分到每一个操作，作为单元模块，然后按照不同的模式进行流程组合，编制简单易用的操作界面，操作者只需要选择提取物料性质、提取模式即可实现对应的操作。
2、动作互锁和顺序连锁控制
中药制药过程单元为流程控制，在对控制单元的PLC程序编制中，要求对整个工艺流程和设备动作的安全性规则有深入的了解，并在此基础上编制程序。为保护人员和设备的安全要设置连锁和互锁控制，有些控制要求次序不能颠倒，若出现相反的操作会带来安全隐患甚至导致事故，因此在PLC程序编制中，对某些不能颠倒次序的控制动作，考虑采取顺序连锁控制，如泵的出口未打开或管线不通，则泵不能启动。对于有些控制不能同时动作的场合，要进行互锁。
3、垂于安全检测的手自动切换
中药制药某些工段对于手自动切换的灵活性要求较高，要求对于部分执行机构能切换到手动状态进行操作，以满足某些应用场合的需要，但切换的时候必须考虑安全问题，如在单元生产运行过程中，误操作将会影响到不锈钢浓缩提取设备运行的安全性，因此在自动和手动切换时引入如下切换规则：在用户进行手动操作切换后，上位机程序立即检查该操作的安全性，若操作为不合法操作，会引起严重后果的，则立即取消操作，操作员手动操作无效；若操作对安全性没有影响，对操作员进行提示后，操作员进行确认后执行此次操作。
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